Nació en 1487 en Getaria (Guipúzcoa), al ser éste un puerto pesquero, desde muy niño vivió inmerso en el mundo del mar, enrolándose desde muy joven en barcos pesqueros tanto de bajura como de altura. Su experiencia marinera se acrecentaría enrolándose en barcos de contrabando que se dedicaban al comercio entre diferentes puert os de Francia.
En 1509 el cardenal Cisneros organizaría una expedición contra Argel, y Elkano, gracias a su espíritu aventurero, se alistaría en ella. Posteriormente también participará en las campañas del capitán Gonzalo Fernández de Córdoba en Italia.
Cuando volvió de estas campañas fue encausado por haber rendido un navío armado a extranjeros. Después de aclarar este suceso con la justicia partiría a Sevilla, donde tuvo noticia de la expedición que estaba preparando el navegante portugués Fernando de Magallanes, cuyo objetivo era descubrir una ruta a las Indias por Occidente, recorriendo siempre aguas castellanas establecidas en el Tratado de Tordesillas, a través de un estrecho o un paso en el sur de América que llevara a las islas de las especias (Indonesia). Una nueva ruta que no tendría necesidad de bordear el continente africano ni atravesar aguas portuguesas. Elkano atraído por el proyecto se alistará en la expedición, que contaba con cinco naves y estaba tripulada por doscientos sesenta y cinco hombres, siendo Elkano maestro de la nao Concepción.
El 20 de septiembre de 1519 partió la expedición desde Sanlúcar de Barrameda (Cádiz). Después de hacer escala en Canarias partió hacia las costas de Brasil, yendo en dirección sur y arribando en marzo de 1520 hasta la boca del río que Magallanes denominó San Julián, donde pasaron el invierno. Magallanes tuvo que hacer frente a un motín, comandado por Juan de Cartagena, de los tripulantes que no querían seguir adelante con la expedición, poniendo los amotinados a Elkano como mando de la nao San Antonio. El motín se resolvió violentamente y la expedición de Magallanes siguió adelante, volviendo Elkano a su puesto de la nao Concepción. Finalmente, en noviembre de 1520, encontrarían el estrecho que les llevaría a aguas del Pacífico y que, a partir de entonces, sería conocido con el nombre de Estrecho de Magallanes. Tras padecer gran número de vicisitudes la expedición, después de pasar por las Islas de los Tiburones (Puka Puka), la Isla de San Pablo (Vostok) y las Islas de los Ladrones (Islas Marianas), arribaron al archipiélago filipino en la primavera de 1521, donde Magallanes moriría en una escaramuza con los indígenas en la isla de Mactán, cerca de Cebú, el 27 de abril de 1521.
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