Nacido a principios del siglo XVI en Aiara (Álava), es uno de los singulares marinos nacidos en el País Vasco que junto a Elkano (dio la vuelta en mundo en barco por primera vez), Legazpi y Urdaneta (descubridor del tornaviaje que permitió establecer la ruta marítima para volver desde las Islas de Poniente [ Filipinas ] hasta América) participaron en la aventura de la exploración y conquista de las aguas y territorios del Pacífico durante las primeras décadas del siglo XVI. En su juventud marchó a Sevilla con el ánimo de embarcarse en algún galeón atlántico. El primer documento que lo relaciona con las Indias (América) es el listado de expedicionarios que acompañaban a Pedro de Alvarado en su viaje de 1538 como gobernador de Guatemala.
Se unió a la expedición de Ruy López de Villalobos que zarpa del puerto de Navidad (Jalisco-México) en 1542 con rumbo oeste para explorar las rutas marítimas del Pacífico llegando a las Islas de las Especias o Islas Molucas. Recibe el mando de la nao San Juan y el 16 de mayo de 1545 sale del puerto de Tidore (Islas Molucas), para ser protagonista de una de las más fructíferas singladuras por el Mar del Sur, desde un punto de vista geográfico.
Navegó por el océano Pacífico avistando varias islas, tomando posesión de la isla de Nueva Guinea en nombre del rey de España, y reconociendo la costa norte de dicha isla. Llamó a la isla que descubrió como Nueva Guinea porque sus nativos le recordaban a los vistos en la Guinea africana. El 3 de octubre de 1545, tras cuatro meses y diecisiete días de singladura, la San Juan atracaba en la rada de Tidore (Islas Molucas).
El trabajo cartográfico de la expedición de Ortiz de Retes ayudó a un mayor y mejor conocimiento de las aguas del Pacífico, cimentando así la posterior expedición de los también vascos Legazpi y Urdaneta que descubriría el tornaviaje.
En la imagen, "Descriptio Maris Pacifici", mapa realizado por Abraham Ortelius en 1589. Fue el primer mapa del pacífico y considerado como un gran avance en cartografía.
