El mes de septiembre de 2000, EH acordó que sus diputados abandonaran la Cámara Vasca, lo que dejó en minoría al ejecutivo nacionalista, cuyos apoyos se redujeron a los 27 diputados del PNV y EA, frente a los 30 que sumaban el PP y el PSOE. El Gobierno Español, el PP y los socialistas exigieron continuamente comicios anticipados a Ibarretxe, que superó las mociones de censura que PSE y PP presentaron en octubre en la Cámara vasca. Era la primera vez en los veinte años de historia del ejecutivo de Vitoria que un lehendakari era sometido a este examen. Entretanto, el Partido Popular se negaba a acudir a las rondas de conversaciones convocadas por el lehendakari si el PNV no rompía previamente el acuerdo de Lizarra-Garazi y los organismos creados por los nacionalistas desde entonces, entre ellos la Asamblea de Municipios Vascos (Udalbiltza; údalbíltsa).
A finales del año 2000, concretamente el 12 de diciembre, los dos grandes partidos estatales (PP y PSOE) firmaron un acuerdo antiterrorista.
Finalmente, ante la imposibilidad de prorrogar una situación que se deterioraba gravemente, Ibarretxe anunció en marzo de 2001 el adelanto de las elecciones autonómicas al 13 de mayo, pese a que la legislatura no terminaba hasta octubre de 2002.
La coalición PNV-EA obtuvo 33 escaños de los 75 que tiene la cámara vasca, PP-Unidad Alavesa (19), PSE-EE (13), EH (7) y EB [Ezker Batua - Izquierda Unida - Los Verdes] (3). La victoria nacionalista causó amplia sorpresa no sólo en las filas constitucionalistas del PP y PSE-EE, que nunca se habían visto tan cerca de llegar a la presidencia del Gobierno Vasco, sino también en los nacionalistas de PNV y EA que no se lo esperaban después de dos años de innumerables críticas a los partidos que sustentaron el anterior gobierno con los votos del reformado brazo político de ETA. Estas elecciones supusieron también la debacle electoral de EH (perdió la mitad de los diputados en el parlamento) que fue castigada por sus votantes, ya que no entendieron la razón por la que ETA rompió la tregua y, con ésta, la dinámica de colaboración entre todas las fuerzas nacionalistas para conseguir la soberanía de una forma pacífica y democrática. Se crea un gobierno tripartito entre PNV, EA y EB cuyo lehendakari es Juan José Ibarretxe.
En junio de 2002, en plena refundación de EH para evitar una posible ilegalización (posteriormente dio lugar a un nuevo partido llamado Batasuna [batásuná, Unidad] ), Aralar (aralár, "nombre de una sierra de Navarra"), corriente crítica nacida en Navarra dentro de EH que se encontraba en contra de la lucha armada de ETA, abandona esta formación y se crea el partido político Aralar. Posteriormente las organizaciones políticas Zutik (sútik, "en pie") y Batzarre (batsárre, "asamblea") integradas en EH abandonarán también esta formación por estar en contra de la lucha armada.
El 20 de febrero de 2003 se cierra el único diario escrito integramente en vasco el "Euskaldunon Egunkaria" (euskáldunón egúnkari-á; "El Diario de nosotros, los vascoparlantes") bajo la acusación de colaboración con banda armada. Siendo sus máximos responsables encarcelados. Una clausura que fue muy criticada por todos los partidos políticos vascos excepto PP y PSE-EE. Este diario fue sustituido rápidamente por el diario "Berria" (berría; el nombre juega con dos significados, se puede traducir como La Noticia o como El Nuevo [diario] ).
El 17 de marzo de 2003 se ilegaliza el partido Batasuna por pertenencia a banda armada. El PP y PSOE querían que el grupo de Batasuna en el parlamento vasco, después llamado Sozialista Abertzaleak (sosiálistá abértsaleák; "nacionalistas socialistas") fuese disuelto, dado que representaba a un partido ilegal. El tripartito se negaba a disolver el grupo porque consideraba que no era competencia de la cámara tomar esta resolución, por otro lado, consideraba que la ilegalización de Batasuna era un acto antidemocrático. Esta ilegalización fue muy criticada por los nacionalistas vascos y por EB; PP y PSOE, por el contrario, la apoyaba al haber redactado y aprobado en el parlamento español "La ley de Partidos", cuya única finalidad era dar medios a la justicia española para ilegalizar a Batasuna.
La actividad de ETA disminuyó ostensiblemente en los últimos años, debido a la pérdida de apoyo social a su lucha armada, algo que impedía la regeneración de los comandos, después de haber sido capturados por las diferentes policías tanto españolas como francesas. Si bien, a lo largo de su historia causó casi 800 muertos y casi 2000 heridos. En noviembre de 1998 nace el Colectivo de Víctimas del Terrorismo, una organización integrada por familiares de asesinados y heridos de atentados de ETA. Su finalidad, defender los derechos y la memoria de las víctimas de ETA.
Hasta las siguientes elecciones, la política vasca estaba inmersa en la polémica sobre el proyecto de "Nuevo Estatuto para la Convivencia en Euskadi" más conocido como "Plan Ibarretxe". Un nuevo estatuto propugnado por el Gobierno Vasco que consideraba que la vía del estatuto de Gernika era una vía muerta, fruto del incumplimiento del desarrollo total de esta ley orgánica por parte de los sucesivos gobiernos españoles, después de más de 20 años de su aprobación en referéndum por la ciudadanía vasca. Según el Gobierno Vasco faltaban más de 30 competencias a transferir, entre ellas las más importantes del autogobierno, unas competencias que consideraban que nunca serían transferidas por el Gobierno Español. Este nuevo estatuto tenía como finalidad la libre adhesión del País Vasco a España y la cosoberanía. El constitucionalismo integrado por PP y PSOE, por el contrario, consideraban que el Estatuto de Gernika surgió del entendimiento entre nacionalistas vascos y constitucionalistas (aunque Alianza Popular, actual PP, estuvo en contra del estatuto), siendo, por tanto, punto de encuentro entre ellos, única forma de garantizar la convivencia pacífica y democrática entre vascos dentro de un proyecto común español. El constitucionalismo consideraba excluyente al nuevo estatuto, ya que indicaban que no representaba a la voluntad de la mitad de los vascos que no son nacionalistas vascos.
En las elecciones celebradas al parlamento español en marzo, contra todo pronóstico, ganó el PSOE. Las claves de esta victoria se encuentran en la mala gestión que hizo el Gobierno Español del PP de los atentados de Al-Qaeda acaecidos el 11 de Marzo en Madrid, tres días antes de las elecciones generales. Horas después de los atentados, ETA, se apresuró en indicar a través de un comunicado que ellos no los habían cometido. A pesar de este comunicado, el Gobierno Español del PP siguió indicando que el principal sospechoso de la autoría de los atentados seguía siendo ETA. Gran parte de la sociedad española consideró que el PP no estaba diciendo la verdad y estaba ocultando información para no perder las elecciones, dado que la sociedad española podría pensar que, estos atentados de Al-Qaeda, eran el resultado del envío de tropas españolas a Irak, fruto de los acuerdos llegados con EEUU. Hubo manifestaciones en pleno día de reflexión demandando información al Gobierno Español.
Los resultados de las elecciones fueron los siguientes, PSOE obtuvo 164 escaños de un total de 350, el PP (148), Convergència i Unió (CiU, 10), Esquerra Republicana de Catalunya (ERC, 8), PNV (7), IU (5), Coalición Canaria (CC, 3), Bloque Nacionalista Galego (BNG, 2), Chunta Aragonesista (CHA, 1), EA (1) y por último Nafarroa Bai (Nafárro-á bay; Navarra Sí, Na-Bai, 1) coalición nacionalista de Navarra integrada por los partidos Aralar, EA, Batzarre y PNV.
El Gobierno Español del PSOE, presidido por José Luis Rodríguez Zapatero, indicó claramente desde el primer momento que nunca aceptaría el "Plan Ibarretxe", por lo que el Gobierno Vasco debería dejarlo en suspenso y mostró su disponibilidad a desarrollar un nuevo estatuto desde cero entre todos los partidos (exceptuando la izquierda abertzale ilegalizada).
PNV y EA indicaron a Zapatero que PP y PSOE tuvieron toda la legislatura vasca para desarrollar el nuevo estatuto junto con ellos y no quisieron formar parte en la redacción del mismo. Añadiendo que esto no era más que una maniobra del PSOE para retrasar la aprobación del nuevo estatuto.
El 30 de diciembre de 2004 el proyecto de nuevo estatuto fue aprobado en el parlamento vasco por mayoría absoluta por los partidos del tripartito (PNV-EA-EB) y también por tres de los seis parlamentarios de Sozialista Abertzaleak (el otro parlamentario de SA se encontraba prófugo de la justicia), que de esta forma, demostraban que no estaban de acuerdo con la integridad del estatuto, apoyando solamente su preámbulo (el que alude a los territorios que integran Euskal Herria y el derecho de los vascos a decidir subre su futuro).
La legislación española obliga a que después de ser aprobado el proyecto de un nuevo estatuto de autonomía en su respectivo parlamento, posteriormente sea aprobado en el parlamento español. El 1 de Febrero de 2005 Ibarretxe presentó el proyecto de nuevo estatuto en el parlamento español, recibiendo el rechazo de la mayoría de este, lo que obligó a Ibarretxe, al día siguiente, a convocar elecciones.
Estando Batasuna ilegalizada, de su entorno, surgió un nuevo partido llamado Aukera Guztiak (aukéra gustíak; "todas las opciones") para presentarse a las elecciones, una candidatura que fue semanas después ilegalizada. Posteriormente el partido Euskal Herrialdeetako Alderdi Komunista (éuskal errí-aldéetakó aldérdi komúnistá; Partido Comunista de las Tierras Vascas; EHAK-PCTV) que si bien surgió como escisión de Batasuna por no estar de acuerdo con la política de izquierdas de Batasuna (según ellos demasiado nacionalista y poco socialista), tomó el testigo de Aukera Guztiak y se presentó a las elecciones intentando agrupar al sector de la izquierda abertzale ilegalizada. Según lo indicado por el Gobierno Español, no se encontraron indicios delictivos en este partido y se pudo presentar a las elecciones. El Partido Popular fue contrario a la no ilegalización de este partido, indicando que EHAK y Batasuna eran lo mismo.
Los resultados de las elecciones en la Comunidad Autónoma Vasca, llevados a cabo el 17 de abril de 2005, fueron los siguientes: EAJ-PNV / EA 29 escaños, PSE-EE / PSOE (18), PP (15), EHAK (9), EB (3) y Aralar (1). Los resultados demostraron una vez más la gran pluralidad ideológica y de sentimientos de pertenencia de la sociedad vasca. Así como que el plan Ibarretxe quedaba en suspenso ante la falta de una mayoría amplia que apoyase el proyecto.
Ibarretxe afrontará su tercera legislatura tras recibir los apoyos de su partido, EA, EB y dos diputados del EHAK. El 25 de junio de 2005 jura su cargo en la Casa de Juntas de Gernika, reeditándose de nuevo el tripartito PNV-EA-EB.
El 24 de marzo de 2006, ETA declara una tregua permanente lo que da comienzo al diálogo entre los diferentes partidos políticos vascos para asentar las bases de la paz. El PP se autoexcluye de estos diálogos, indicando que "es una nueva tregua-trampa". Después del proceso de verificación del alto el fuego, Zapatero, el 29 de junio, anuncia el comienzo de negociaciones con ETA, para que esta organización armada dejase las armas.
Las negociaciones entre el PSOE y la izquierda abertzale, a las que posteriormente se unirá el PNV, darían lugar a los Acuerdos de Loiola en los que se comienza a tejer el reconocimiento de la identidad nacional vasca y el derecho de los vascos a decidir su futuro, así como del establecimiento de un órgano común entre Euskadi y Navarra. Por divergencias en el proceso de reunificación de Euskadi y Navarra las negociaciones se enquistarán.
Después de un comunicado de ETA en agosto indicando que el proceso de paz no iba bien y de comunicados de Batasuna en el mismo sentido, el 30 de diciembre de 2006 ETA realiza un atentado en el aparcamiento de la T4 del aeropuerto de Barajas, que causa grandes desperfectos y daños económicos. El atentado se cobra la vida de dos jóvenes ecuatorianos, Carlos Alonso Palate y Diego Armando Estacio. No hubo comunicado previo de ruptura, sólo un aviso telefónico de ETA poco antes de la explosión. En el comunicado de ETA, posterior al atentado, indicó que este no conllevaba la ruptura del proceso por parte de la organización armada y que no era más que un toque de atención a la posición política del Gobierno Español y del PSOE que estaba pudriendo el proceso, aplicando, según ellos, las mismas políticas de siempre de represión de la izquierda abertzale. Su objetivo, remarcó ETA, no fue la de causar víctimas humanas, reafirmando que avisaron del atentado una hora antes, en tres avisos, sin haber sido el aparcamiento evacuado correctamente, después dan su pésame a los familiares y amigos de los fallecidos en el atentado y al pueblo de Ecuador en general.
El PSOE, en cambio, dio por concluidas las negociaciones con ETA aseverando que ETA había sepultado bajo los escombros de Barajas el alto el fuego permanente y que no se daban ya las condiciones para seguir con el proceso de paz.
Para las elecciones forales y municipales de 2007 la izquierda abertzale registró un nuevo partido, Abertzale Sozialisten Batasuna (abértsalé sosiálistén batásuná; "Unidad de Socialistas Nacionalistas"), siendo su registro vetado por considerar la justicia española que era una continuación de la Batasuna ilegalizada.
Ante la imposibilidad de que la izquierda abertzale se pudiera presentar a las elecciones, después de 30 años sin presentar una candidatura propia, ANV que era un partido legal desde la transición y que normalmente pedía el voto para la izquierda abertzale, representará a la izquierda abertzale en estas elecciones; no obstante, parte de las listas de ANV fueron impugnadas por ser relacionadas con la Batasuna ilegalizada.
ANV, aún teniendo más de la mitad de las listas impugnadas (sólo pudieron presentarse 123 de 256 listas) se convierte en la cuarta fuerza electoral tanto en Euskadi como en Navarra, siendo la fuerza más votada en 31 de los 97 municipios en los que pudo presentarse, obteniendo también concejales en los municipios del Condado de Treviño (enclave territorial castellano-leonés dentro de la provincia de Álava que ha solicitado en repetidas ocasiones su integración en Álava, estando en contra de esta 
integración los partidos de Castilla y León).
Un año después la justicia española declarará tanto a EHAK como a ANV como partidos ilegales, si bien los concejales y alcaldes electos de ANV seguirán realizando su labor.
Para las elecciones autonómicas vascas del 1 de marzo de 2009 la izquierda abertzale volverá a presentar un nuevo partido denominado Demokrazia Hiru Milioi (demókrasi-á íru millóy; "Democracia Tres Millones"; D3M) reclamando democracia para los tres millones de habitantes de los siete territorios vascos. La candidatura será también ilegalizada por continuadora de Batasuna. Lo mismo ocurrirá con el partido Askatasuna (askátasuná; "Libertad") que si bien se presentará por primera vez en 2001 a unas elecciones, al intentar ahora representar a la izquierda abertzale será también ilegalizado; con lo que la izquierda abertzale se quedará sin representación en el parlamento vasco, al indicar que sus simpatizantes votasen con las papeletas de la candidatura ilegal D3M.
El resultado de las elecciones vascas fue el siguiente: PNV (30 diputados), PSE-EE-PSOE (25), PP (13), Aralar (4), Eusko Alkartasuna (1), EB (1) y UPyD (1). En el parlamento vasco el constitucionalismo (PSE-EE-PSOE, PP y UPyD), conocido también en el País Vasco como españolismo, en sus vertientes progresista y conservadora, por primera vez, se convertía en la ideología mayoritaria gracias a la ilegalización de las candidaturas de la izquierda abertzale.
Si bien el PSE-EE indicó en la campaña electoral que, después de las elecciones, no llegaría a ningún acuerdo de gobierno con el PP, para evitar así un trasvase de votos de la izquierda abertzale al PNV que evitase un gobierno PSOE-PP, tal y como ocurrió en las elecciones del 2001. Tras las elecciones vascas el PSE-EE llegará rápidamente a un acuerdo con el PP para dar lugar al primer gobierno constitucionalista de Euskadi. Este nuevo Gobierno Vasco, liderado por el socialista Patxi López Álvarez e integrado por miembros del PSE-EE e independientes de ideología socialista, sería apoyado parlamentariamente por el PP.
El principal objetivo del nuevo Gobierno Vasco fue la lucha contra ETA, destacándose en ella la lucha contra cualquier visualización de la ideología de la izquierda abertzale en las calles (retirada por parte de la policía vasca, la Ertzaintza, de pancartas, carteles de presos de ETA, borrado de pintadas etc) para lo que se destinaron cientos de miles de euros. La Ertzaintza era la encargada de quitar los carteles por lo que desde diferentes sectores criticaron al Gobierno Vasco por considerar que ese no era cometido de la Ertzaintza. Las pancartas y carteles eran retirados y volvían a ponerse otra vez por parte de simpatizantes de la izquierda abertzale, con lo que el gasto se incrementaba, pidiéndose desde el Gobierno Vasco a los municipios que colaboraran también en la limpieza, lo que generó controversia en la sociedad vasca entre partidarios y detractores.
Otro de los campos del Gobierno Vasco fue el de impulsar en Euskadi la identidad española. Por un lado, se impulsó la educación en lengua española y, por otro, la aplicación de la ley de símbolos (que anteriormente no era cumplida por los sucesivos gobiernos vascos) y visualizar, de esta forma, en todos los edificios oficiales del Gobierno Vasco, así como en ruedas de prensa del mismo, además de la bandera vasca o ikurriña, también la bandera española.
A medida que el Gobierno Vasco se va convirtiendo, según las encuestas, en el peor valorado de la historia por los vascos y con la debacle electoral de las elecciones municipales y forales de 2011 que reducen el porcentaje del PSE más el PP al 36% de los votos, la bandera española seguirá ondeando en los edificios públicos del Gobierno Vasco, pero desaparecerá de las ruedas de prensa, en las que solamente se visualizará la bandera vasca, con lo que la presencia mediática de la bandera española volverá a ser nula. En el País Vasco, si bien la bandera tricolor republicana de España despierta simpatías, incluso en sectores nacionalistas vascos, la actual bandera bicolor de España sigue siendo asociada con la dictadura franquista y, por tanto, con la época de prohibición de la lengua vasca.
El 16 de octubre de 2009, el dirigente de la izquierda abertzale, Otegi, que periódicamente, por diferentes causas contra él, fue encarcelado y posteriormente excarcelado, es de nuevo enviado a prisión por el caso "Bateragune" ("lugar de encuentro"), en este caso, por acusarle de intentar reconstruir Batasuna junto a Rafael Díez Usabiaga, antiguo dirigente del sindicato LAB, afín a la izquierda abertzale. A través de Bateragune se quería dar un cambio de rumbo a la izquierda abertzale para que abandonara la vía armada y construir una coalición soberanista con el resto de partidos independentistas vascos. Una nueva estrategia que se plasmará el mes siguiente en la "Declaración de Alsasua".
El 11 de noviembre de 2009 el Tribunal Europeo de Derechos Humanos de Estrasburgo ratifica la sentencia de ilegalización de Batasuna indicando que los partidos de la izquierda abertzale ilegalizados
incurrieron en comportamientos que concluyeron "en un compromiso con el terror" y contra la coexistencia en un Estado democrático, así como que esta ilegalización se correspondía con
una "necesidad social imperiosa" y "proporcional al fin buscado". Según el Tribunal Europeo la ley de partidos
no está destinada "a prohibir la defensa de ideas o doctrinas que cuestionen el marco constitucional, sino a cuestionar la libertad y el pluralismo, con el respeto a los derechos humanos y la protección de la democracia". Finalmente, la sentencia indica que
los partidos ilegalizados "eran instrumentos de la estrategia terrorista de ETA" cuyo fin era "completar y apoyar políticamente la acción de organizaciones terroristas para perturbar el orden constitucional y alterar gravemente la paz pública".
Tres días después, el 13 de noviembre, en Alsasua (Navarra), la izquierda abertzale dará un cambio radical a su política llevada en las últimas tres décadas dándola a conocer a través de la "Declaración de Alsasua". Un cambio de estrategia en el que apuesta por la confrontación con otras ideologías exclusivamente política y democráticamente, lo que dejaba fuera de la estrategia la lucha armada, y también por la colaboración con otras fuerzas independentistas y de izquierdas del País Vasco (una apuesta por la coaligación de partidos soberanistas que también hizo público en el mismo mes Eusko Alkartasuna). Este cambio impulsado por Arnaldo Otegi, Rafa Díez Usabiaga y Rufi Etxebarria, después de un debate dentro del seno de la izquierda abertzale, en febrero de 2010, dará lugar al documento "Zutik Euskal Herria" (sútik éuskal érri-á; "País Vasco en pie") que abogará por "un proceso democrático en ausencia de violencia" y por "la acumulación de fuerzas soberanistas"; descartando una vez más la violencia como forma de hacer política.
Un mes después de la "Declaración de Alsasua", se supo de la existencia de una carta enviada por Arnaldo Otegi desde la cárcel a un preso de ETA en la que indicaba que quien no estaba de acuerdo con la Declaración de Alsasua "o no está en sus cabales o trabaja para el enemigo".
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